อย่างไรก็ตามก่อนหน้านี้ กรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง กล่าวถึงปรากฏการณ์แพลงก์ตอนบลูมว่า เป็นปรากฏการณ์ทางธรรมชาติ โดยใน 1 ปี จะเกิดขึ้น 2-3 วัน ซึ่งไม่เป็นอันตรายต่อสัตว์น้ำ และผู้ที่ลงเล่นน้ำทะเล โดยสาเหตุสำคัญที่ทำให้เกิดปรากฏการณ์มาจากการปล่อยน้ำเสียลงสู่ทะเล และมักเกิดในช่วงฤดูฝน หากฝนที่ตกอย่างต่อเนื่องและมีคลื่นลมแรงเป็นเวลาหลายวันจะไปชะล้างธาตุอาหารที่อยู่ในพื้นดินบริเวณชายฝั่งลงสู่ท้องทะเล จนทำให้แพลงก์ตอนได้รับสารอาหารและเกิดการเจริญเติบโตอย่างรวดเร็ว และเมื่อออกซิเจนในน้ำทะเลหมดลง แพลงก์ตอนก็จะตายจนทำให้น้ำทะเลกลายเป็นสีต่างๆ เช่น น้ำตาล สีแดง สีเขียว หรือสีดำขุ่น